Ya ni le vusques dav, no vale la pena siquiera molestarse en pensar como hacerlo. Las aplicaciones web son ligeras, simples y no muy complejas en cuanto a interface, su fuerte es que pueden usarla miles de usuarios, pero en este caso no creo que se de ese supuesto y puesto que como dices ya te funciona bien en una base de datos embedded y hasta es portable en un usb no veo para que complicarse. Si acaso podrías montar un servidor para la base de datos y que fuera accesible via internet, entonces tendrías lo mejor de dos mundos: la portabilidad de web con la robustez de un thick client.
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