Hola
Yo soy partidario de meter el menor código HTML dentro del PHP con lo que el problema de las comillas es mucho menor:
Código PHP:
<input type="button" onclick="window.open('joomla/components/com_includes/grafica.php?str=<?=$strXMLData?>','grafica','location=no,menubar=no,resizable=yes,scrollbars=yes,status=no,toolbar=no,width=500,height=560')">
Ahora bien si lo que te pasa es que no sabes si la URL la estas formando correctamente puedes hacer dos cosas:
1. Pon el parámetro a piñon sin PHP y coprueba que habra correctamente la página, es decir
Código:
'joomla/components/com_includes/grafica.php?str=1'
2. Cuando el paso uno funcione correctamente le metes el valor del parametro con PHP y compruebas mirando el código fuente que la URL se ha formado correctamente.