Alguna vez tuve un problema similar al que cuentas y lo solucione agregando un campo mas en la base de datos central que indicaba para cada registro cual fue su ultima fecha de modificacion y opcionalmente quien la modifico.
Luego, cada cierto lapso de tiempo se replicaba la informacion a la base local de cada aplicacion, pero solo lo hacia con aquellos registros que habian sido modificados desde la ultima replicacion anterior.
En tu caso podrias guardar los datos de los clientes en la base centralizada, datos que por lo que pienso no se modifican continuamente, y por lo que la replicacion no demandaria mucho espacio. Luego replicas los registros modificados a tu base.
Espero que te sirva. 1Salu2.
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Hice un trato con Dios... el no hace sistemas y yo hago milagros
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