La diferencia es abismal.
En windows es complicado, engorroso y los resultados no se acercan en nada a la simplicidad, seguridad y funcionalidad de hacerlo en sistemas linux/unix.
En windows, ¿conoces a alguien que sea capaz de gestionar correctamente permisos a nivel de fichero, directorios, propietarios, etc...?
Y suponiendo, imaginando, que fuese igual que en linux/unix... ¡¡¡no serviría de nada!!! porque la inmensa mayoría de programas windows necesitan ejecutarse con permiso de administrador para poder instalarse y funcionar