Debes verificar de alguna manera (Ej. CreateMutex), si ya esta en ejecución una instancia de la aplicacion, en tal caso debes pasarle los argumentos a dicha instancia y salir para que la instancia inicial reciba los nuevos datos y actualice lo que deba actualizar con los argumentos recibidos.
Busca SendMessage o CreateFileMapping (Ej.
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Saludos