Descargaste el MSI, EXE o el ZIP?
pregunto pues si tuviste que realizar la instalacion manualmente debes considerar:
1. Debes ejecutar el "instalador" para crear el nuevo controlador
Código:
myodbc3i -a -d -t"MySQL ODBC 3.51 Driver;DRIVER=myodbc3.dll;SETUP=myodbc3S.dll
2. Las dos DLLs que has descargado deben estar en %SystemRoot%\system32
Revisa muy bien los nombres del Driver; y de los DLLs al crear el controlador
Saludos