Es que no tiene sentido que te compliques la vida con hilos y cosas raras para unos pocos registros, eso debe tardar segundos.
Por ejemplo, una simple prueba para que te hagas una idea, tengo una tabla con más de 250.000 registros (y unos 90 campos) y los paso a otra tabla igual, tiempo: 2,6 segundos.
En tu caso, con BD distintas y comprobando los que ya existen para actualizarlos, por código Delphi, etc. calcúlale unos 3 a 5 segundos... como mucho.
