Hola,
tienes que utilizar la cláusula
having, que es como un where pero para filtrar agregados:
Código:
select a.rut, a.nombres,a.Ape_pat,a.Ape_mat,a.curso,a.nivel, count(*) as total
from alumnos a join atrasos s on (s.rut = a.rut and s.procesado = 'N')
group by a.rut, a.nombres,ape_pat, a.Ape_mat, a.curso,a.nivel
having count(*) > 5
Un saludo!