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Gracias Al González.

Siempre es bueno repasar lo básico, no es la primera vez que me pasa estar haciendo algo mal. Respecto a lo que me comentas

1. ¿El campo se llama realmente Existencia o almacen?
El campo se llama almancén, y lo uso para llevar la existencia. Me equivoqué al formular la pregunta.

2. Te recomiendo prescindir de valores literales en sentencias SQL de aplicaciones que no son de uso interno o de pruebas. Es mejor y más seguro usar parámetros ("...Values (..., :Cantidad..."). Quizá en la computadora del cliente 3.00 no sea lo que tú crees que es (configuración regional).
Aprecio el consejo voy a hacer los cambios para que sea por parámetros

3. ¿Existe la remota posibilidad de que tengas dos productos con la misma clave?
No, en la tabla de Productos la clave es llave primaria y el sistema hace una revisión antes de modificar o insertar nuevo producto.

4. ¿Tendrás algún disparador (trigger) involucrado con esas tablas y que no estés observando?
Gracias ya revisé. No tengo de momento triggers en esta parte.

5. ¿Las diferencias inesperadas que se presentan son consistentes o varían sin sentido? ¿El error se presenta bajo un patrón común respecto a las cantidades que debería haber y las que hay?
Varían sin sentido.


Por eso mi pregunta sobre la confiabilidad de MySQL. De hecho otro cliente tenía un problema parecido. A este cliente cuando hacía sus ventas en sus tickets (Impresión en RAW) y notas (hechas con QuickReport) los precios salían distintos a los que tenemos guardados en el sistema. Me volví loco haciendo pruebas, depurando una y otra vez las rutinas del programa. Ya desesperados le dimos formato a sus computadoras y problema solucionado. Aun sigo sin poder explicarme que fue lo que estaba pasando.

De momento estoy haciendo lo del Log que me han sugerido, estoy también haciendo revisión en las rutinas. Por último mi tirada es hacer pruebas para cambiar el servidor del 5.1 a 5.7.
Bueno, les mantendré informados que pasa. Gracias a todos por su tiempo y sus sugerencias