oye ixMike...echale una miradita a algunos motores de plantillas como
Smarty, seguro que encontraras otras cosillas para experimentar. Estos motores se encargan de hacer precisamente lo que quieres sin necesidad de saber PHP, lo malo es que hay que entender mas o menos como funcionan.
Por otro lado vale la pena leer algo sobre CSS que es una forma más precisa de controlar como se ve tu sitio sin tener que mover completamente tu HTML existente. Vamos, no digo que cambies todo, tan solo echale un ojo, lee y si puedes aplicar algo hazlo.