Puedes hacer muchas cosas, ademas de quitar los servicios y aplicaciones no utilizados por tu aplicación en el arranque, podrías sustituír el Shell por defecto (explorer.exe) por tu aplicación:
En Win3.x y Win9x, archivo SYSTEM.INI:
Cita:
[boot]
shell=MiAplicacion.exe
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En Win2k y WinXP, en el registro de configuraciones:
Cita:
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Winlogon]
Shell=MiAplicacion.exe
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Saludos!