Si teneis algo de organizacion, podeis poner los fuentes en el servidor y atacar directamente a ellos des de cada PC.
Si la idea no te gusta, puedes recurrir a los CSV (yo no los he utilizado nunca pero me han dicho que van de coña)
http://www.wincvs.org/
www.tortoisecvs.org
http://winmerge.sourceforge.net/
Espero te sirva