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lo que yo haría sería poner un índice único en la base de datos, igual y que contenga todos los campos, aunque supongo que con contener la fecha y hora sería suficiente.
Al traspasar la información, capturo la excepción de llave duplicada y listo.
De esa forma, no modifico el archivo para nada. Y el proceso de capturar la excepción es bastante sencillo.
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