La segunda opción es la más elegante y según he leido en algún lugar: los campos para filtrar (en este caso f.contabilizado=1) deben estar en el where y los campos para unir en el join.
De todos modos, según la base de datos que utilices, una opción podrá darte mejores resultados que la otra.
También, puede ser que si tienes un índice que tenga en cuenta los campos factura y contabilizado a la vez, la consulta sea un poco más óptima. Del mismo modo, puede pasar lo contrario, si no tienes buenos índices para hacer el join.
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