Borras todas las tablas? Si es así, puedes hacer un backup/restore sólo de la estructura, sin los datos (creo)
No obstante, borrar (o vaciar) una(s) tabla(s) no tendía porque probocar la corrupción de una base de datos si usas un simple
No obstante, y para quitar de dudas que sea el gestor que usas, mira de usar el IBExpert (
www.ibexpert.com) que en su versión personal es gratis o bien hazte un simple programita que sea el encargado de borrar esa(s) tabla(s)