Hola.
No soy ningún experto en esto (como en casi nada) pero te comento lo que yo entiendo sobre este tema.
Para poder crear ejecutables en 64 bits necesitas que la herramienta de desarrollo que uses pueda generar ejecutables 64 bits, creo que los entornos de desarrollo que te permiten compilar en 64 bits te permiten generar el mismo programa en 32 y 64 bits y el código fuente es el mismo.
Por otro lado la mayoría de los programas de 32 bits te funcionarán en 64 bits sin problemas, aunque hay excepciones, si usas componentes de terceros es posible que alguno te dé problemas.
Saludos
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