Básicamente se trata de añadir bloques al EXE (al final, por ejemplo) de forma que después puedas extraerlos y volver a crear los ficheros en disco.
Hay componentes que te facilitan el trabajo (puedes echarle un vistazo al código y ver cómo se hace).
Por ejemplo, puedes revisar
EXEMOD que he subido al FTP de Club. El
original está en Torry aquí (
pero OJO, uno de los EXE que hay dentro es un virus -ya he avisado-); Basta con extraer del ZIP todo menos los ejecutables.
La versión que he subido al FTP sólo incluye fuentes.