pues sería cuestión de probar.
La teoría dice que la primer opción ejecuta dos consultas con muchos registros y luego hace la comparación registro por registro para eliminar los que no correspondan.
La opción que yo uso hace una sola consulta uniendo las dos tablas y filtrando los que correspondan al enlace. Al final (con el where) muestra solo los que no coinciden.
Pero como te digo, es cuestión de probar cuál de las dos tiene mejor rendimiento.
Saludos y te encargo un cabrito pa cuando vaya, que ya tiene mucho que no me doy la vuelta para allá.