la verdad no entiendo muy bien el problema, tampoco entiendo el por que usar los frames en el pop up... yo pondria el titulo y el pie en cada pagina y ya no usaria frames, si no existe esa posibilidad de eso podrias utilizar un javascript con el objeto document y el metodo write () lo cual te permitiria crear dinamicamente el popup
Código:
function popup(url)
{
.....
......
}
el url se lo pasas a la funcion directo desde link
ahi hay informacion al respecto
http://www.webestilo.com/javascript/js22.phtml
o buscando en google hay mucha mas
saludos