Hola
He hecho un par de pruebas y efectivamente no funciona, el problema es que la segunda sentencia se ejecuta cuando aún no se ha abierto la ventana.
Puedes probar este ejemplo:
Código PHP:
function popup(url){
miVentana = window.open("b.html","Ventana","width=400,height=600,scrollbars=NO"); // Abres el POPUP
setTimeout( "miVentana.frames[0].location = '"+ url +"'", 500 ); // hay que cambiar el numero del frame.
}