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Sin saber la estructura de las tablas, las claves que tienes definidas, los índices definidos y los datos de cada tabla es difícil saber qué está pasando.
Deberías acceder al PLAN de la consulta con alguna herramienta que te permita consultarlo.
Ahí deberías poder ver qué parte te está ralentizando la consulta.
Habría que saber de qué tipo son los campos DOI_CLIENTE y CLIENTE y los valores diferentes que tienen en la tabla.
No tiene nada que ver que tengas:
* 1.000.000 de registros con 3 valores diferentes.
* 1.000.000 de registros con 900.000 valores diferentes.
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