Hola:
Bueno te aconsejo que utilices un instalados donde controles esto, prueba con el inno setup, es gratis y puedes mandar tus mensajes en español y controlar lo que se instala y desde donde se instala.
Por otro lado prueba este código en el ShellExecute.
Código:
ShellExecute(0,nil,PChar(ExtractFilePath(Application.ExeName) + '\Fisica\Nivel2\setup.exe'),'','',SW_SHOWNORMAL);
PChar(ExtractFilePath(Application.ExeName) Este señor verifica desde donde se esta ejecutando la aplicación y quizas te pueda controlar eso.
Suerte.