No tienes que configurar nada especial. El lector lo conectas a la entrada del teclado y el teclado al lector y no tienes que instalar nada. Lo mismo da que escribas con el teclado que pases el codigo por el lector.
Si tu aplicacion va a generar codigos de barras, entonces necesitaras algun componente. Por ejemplo:
http://www.psoft.sk/