Hola.
Parece que ya se han respondido la mayoría de dudas a este respecto, pero me gustaría ahondar sobre el tema de la privacidad que comenta julian. Si los archivos están "fuera" son accesibles por lo usuarios sin pasar por el filtro de la base datos. Pueden ser vistos, modificados y eliminados desde fuera de la aplicación. Si esto es un factor importante también debe ser tenido en cuenta. Mi experiencia me inclina hacia la solución de guardarlo en la base de datos y si el número de archivos se estima realmente alto, guardarlo en varias BBDD como comenta Casimiro, incluso por años, o por tipos de archivo (imagenes, pdf, doc) etc.
Saludos,
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