Pues una solución sencilla, y de la que ya hemos hablado aquí mas veces, es colocar en el ftp además del la actualización un pequeño archivo con información sobre la actualización. ¿Que colocar en ese archivo?, pues ahí cada uno coloca lo que cree mas conveniente, puede ser la versión del archivo, su md5, etc.
La forma de actuar entonces seria la siguiente, el programa encargado de la actualización bajaría el archivo con la información, que como mucho medirá unos cuantos bytes, y comprobara si la aplicación necesita actualizarse. Si es necesaria la actualización entonces la baja del ftp.
En este hilo deje un ejemplo que hace justo lo que tu quieres (funciona con http o ftp indistintamente), aunque puede que sea mas de lo que necesitas y tengas que ajustarlo a tus necesidades.
http://www.clubdelphi.com/foros/showthread.php?t=32550