Hombre es diferente la cosa dependiendo de para quien, creo yo.
Para un usuario doméstico: AMD es la opción más asequible, es más barato y hasta hace poco estaba más avanzada que Intel. Pero creo que las tornas han cambiado, Intel ha avanzado mucho en el plano del multiprocesador o multinúcleo, más incluso que AMD y ahora se hace difícil una elección. Aunque el tema económico, no ha cambiado.
En cuanto a un servidor, aquí tienes otro sitio donde se ha hablado del tema:
http://www.comunidadhosting.com/viewtopic.php?pid=254
Espero te ayude a decidir.
Saludos