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Antiguo 27-11-2018
bucanero bucanero is offline
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bucanero Va camino a la fama
hola lordballiwns

el código que has puesto tiene dos partes,
- en la primera agregas una declaración de estilo al documento HTML, donde se declara las capas div de clase cp_oculta como no visibles, esto es mas bien parte del CSS y se puede poner en un fichero a parte.
Código:
document.write('<style type="text/css">div.cp_oculta{display: none;}</style>');
- y en la segunda parte tienes declarada una función que obtiene un elemento tomandolo por su nombre y cambia su propiedad visible. Esta es la parte que si que puedes extraer a un fichero JS
La forma de separar el javascript del HTML es agregar un nuevo fichero con extension js (yo lo he llamado miscript.js) y grabarlo en la misma carpeta o subcarpeta del HTML con el siguiente contenido:
Código:
function MostrarOcultar(capa)       {       
  if (document.getElementById)       {       
    var aux = document.getElementById(capa).style;       
    aux.display = aux.display ? "":"block";       
  }       
}
y ya en el HTML (con alguna pequeña modificación respecto al tuyo) puedes probarlo de esta manera:
Código:
<!-- ------------------------------------------------------
   esta definición en tu caso era el javascript el que 
   la insertaba en el documento pero por tratarse mas bien 
   de CSS he preferido sacarla fuera, e incluso se puede 
   poner en un fichero externo de CSS
  ------------------------------------------------------ -->
<style>
  div.cp_oculta{
    display: none;
  }
</style>
<!-- ------------------------------------------------------ -->

<div id="algo" class="cp_oculta"> algun texto</div>
<button onclick="MostrarOcultar('algo')">Mostrar/Ocultar</button>

<!-- aqui lee el fichero de js -->
<script src="miscript.js"></script>
Un saludo
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