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Hay varias opciones, que se me ocurren.
Una opción es que la ruta de Base de Datos siempre vaya "ligada" a la del programa; De forma que si en el instalador se cambia la ruta del programa (es lo habitual), es fácil desde la misma aplicación "recalcular" la de la BD (suponiendo que por ejemplo sea un subdirectorio).
Otra opción es detectar, al entrar en el programa, que el usuario ha instalado la Base de Datos en otro lugar (por ejemplo, si no se encuentran las tablas) y mostrar un diálogo para que determine la nueva ubicación.
Otra un poco más compleja, es que desde el instalador grabes en disco (un fichero) o una clave de registro con la nueva ubicación y desde el programa consultes ese dato. Pero esta, ya dependerá del instalador que estés utilizando y de las opciones o posibilidades que te brinde.
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