[CSIE]

Creo que la solución es que tu propio programa preloader cree el acceso directo en el escritorio asignandole el icono correspondiente de la aplicación especificada en el ini.

Para ello puedes usar el interface IShellLink:

Código Delphi [-]
uses
  ShlObj,
  ActiveX;

var
  UnObject : IUnknown;
  ShelLink : IShellLink;

  if CoCreateInstance(CLSID_ShellLink, nil, CLSCTX_INPROC_SERVER or CLSCTX_LOCAL_SERVER, IUnknown, UnObject) <> S_OK then
  begin
    ...Error..
  end
  else
  begin
    ShelLink := UnObject as IShellLink;
    .....
    ShelLink.SetIconLocation([Ejecutable de la aplicacion con path], [Icono]);
    .....
  end;
  CoUninitialize();

Normalmente Icono por defecto será 0;