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Empezado por Casimiro Notevi Ver Mensaje
Sería algo parecido a los bookmark, que se almacenan en un fichero aparte la línea, tú podrías incluir el comentario además de la línea.

Lo complicado es sincronizar los números de líneas, seguramente antes de guardar el proyecto se buscaría el comentario y la línea en que está, sustituyéndola por la actual (la que está en el fichero externo)
No se me antoja nada sencilla.
Hay que tener en cuenta muchas cosas; Me parece bastante fácil que en un momento se "descuadre" esa relación e imagino la cantidad de trabajo perdido. Todo el fichero de comentarios quedaría invalidado, toda esa información perdida.

Por no decir qué pasaría si se utiliza algún sistema de control de versiones. ¿Dónde se guardarían esos ficheros? Habría que sincronizarlos también.
¿Qué pasaría con el fichero al hacer un Check-in/Check-out? Hay alunas herramientas que permiten adjuntar ficheros a uno de código o añadirlo a la misma familia (tal vez eso podría ser una solución), pero no se si todos tienen esa posibilidad.
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