Por si eres despistado como yo, te aviso que si deseas poner los archivos en una estructura de directorios distinta de la que trae por defecto, en el archivo mmSWFUpload.js, por ahí de la línea 32:
var so = new SWFObject("
jscripts/SWFUpload/upload.swf", "_mmSWFUploadField", "1px", "1px", this.addSetting("flash_version", "8"), "#000000");
hay que cambiar la ruta que indico. Bastante simple, pero me llevó un rato entender por qué fallaba
// Saludos