Buenas.
Igual, más que ofuscarlo, te resulte interesante evitar la portabilidad, de forma que tu código funcione solo en el dominio que especifiques.
Echa un vistazo en
CopyRightParser.
Este sitio te brinda también la posibilidad de establecer una frase visible de copy right, de manera tal que cualquier intento de eliminarla provocará un mal funcionamiento del código. Posteriormente, y si todavía te preocupa el ofuscado, puedes utilizar packer de Dean Edwards, para comprimir y ofuscar todavía más.
Saludos.