Hola,
En el "script" "/installation/installer/helper.php" puede verse este código en la línea 280:
Código PHP:
// Create random salt/password for the admin user
$salt = JUserHelper::genRandomPassword(32);
$crypt = JUserHelper::getCryptedPassword($adminPassword, $salt);
$cryptpass = $crypt.':'.$salt;
El contenido de la variable "cryptpass" es lo que se termina guardando en la base de datos, como puede verse unas líneas más abajo. Creo que te da ya alguna pista de por dónde empezar. O también puedes esperar a ver si algún compañero ha hecho algo como lo que necesitas, lee este hilo, y tiene a bien publicar su solución.