Pues si usas un archivo ini para guardar las configuraciones, puedes recuperarlo del directorio en que se ejecuta tu aplicación con el siguiente código:
Código Delphi
[-]
RutaArchIni:= ExtractFilePath(Application.ExeName) + 'Archivo.ini'
Ahora si quieres que todas las configuraciones se guarden en el mismo archivo ejecutable... pues eso si no sé hacerlo, aunque alguna vez hice algo parecido.
Lo que hice fue crear mi ejecutable, con su archivo ini que lo leía y escribía en el mismo directorio de ejecución, incluso los archivos de datos que creaba los guardaba ahí mismo. Mi programa implementaba una librería zip que bajé gratuitamente de algún lado, así que todos los archivos necesarios para mi trabajo (ejecutable, datos, una dll para comprimir y configuración en ini) los comprimí en un sfx (por supuesto ejecutable), así que cada vez que ejecutaba el sfx, lo descomprimía por default en una carpeta junto con sus archivos, al cerrar el programita, el mismo se comprimía en un sfx junto con sus archivos y preguntaba donde guardarlo, así que solo traía cargando un solo archivo que contenía todo lo necesario para trabajar, el inconveniente era cuando perdías el archivo de manera accidental, pero bueno, creo que esto se parece a lo que necesitas.