Hola
existe una herramienta gratuita
InstallJammer (
http://www.installjammer.com/). Yo la he usado y la verdad es que me ha ido muy bien, es realmente fácil hacer un sencillo instalador y el resultado es bastante bueno.
Además de un instalador básico se pueden añadir diferentes ventanas y acciones (acceder al registro, ejecutar programas externos, etc.)
Yo no he usado nunca ni el InstallWare ni el Installshield así que no puedo hacer comparaciones.
Espero que te sirva
Salu2