Hola cristian22,
realmente no entiendo tu pregunta pero por lo que veo de las tablas, lo estas planteando mal el problema.
En tu caso por lo que veo asi como tienes las tablas, quieres o puedes asignar a un empleado varios puestos, por lo general cada empleado solo tiene un puesto, osea no te compliques la vida
y plantealo de esta manera.
Código SQL
[-]tabla empleados
idempleado
idpuesto
tabla puesto
idpuesto
nombrepuesto