como bien dijiste podes cambiar la ruta en el .dpr (Menu Project -> View Source)
ahi podes poner la ruta relativa, y con ".." podes acceder al directorio anterior.
Por ejemplo, supongamos que tienes la siguiente estructura de directorios
Código:
MiProyecto (dir)
UnitFuncionesBasicas.pas
Modulo1 (dir)
Modulo1.dpr
UnitFuncionesRaras.pas
...
Modulo2 (dir)
Modulo2.dpr
Unit2.pas
...
y suponemos que desde Modulo2.dpr quieres agregar UnitFuncionesRaras.pas y UnitFuncionesBasicas.pas, entonces en el uses de Modulo2.dpr te quedaria asi:
Código Delphi
[-]
UnitFuncionesBasicas in '..\UnitFuncionesBasicas.pas'
UnitFuncionesRaras in '..\Modulo1\UnitFuncionesRaras.pas'
Espero que se entienda
Saludos