No sé que utilizas para imprimir, pero te cuento un caso parecido que tuve, utilizando versiones de quickreport antiguas.
El caso es que cuando seleccionaba una impresora se cambiaba el indice de la impresora seleccionada pero no se cargaban las configuraciones. Si no recuerdo mal, para resolverlo modifiqué el setPrinterIndex de TQRPrinter añadiendo una linea después de la asignación del printerIndex para forzar carga de la configuración de la impresora. Algo así:
Código Delphi
[-] aPrinter.PrinterIndex := Value;
aPrinterSettings.ApplySettings;
Ya digo que no sé si será tu caso, pero si al imprimir cambiando de impresora sí que imprimes por la impresora seleccionada pero no con la configuración indicada pudiera ser que te estuviera pasando algo parecido.