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45000 registros no son muchos.
Verifica que hay índices por los campos por los que realizas consultas. Ten en cuenta, que si la consulta la realizas por 2 campos, la tabla tendrá que tener un índice compuesto por esos 2 campos, no te valdrá que tenga 2 índices uno por cada campo)
También hay que tener en cuenta qué es lo que entiendes por una consulta lenta y si la consulta te tarda lo mismo desde Delphi y desde un gui de acceso a Interbase (por ejemplo el IBConsole o el IBExpert). En este último caso, quizás sea problema de los componentes que utilices para acceder a la Base de Datos
Si no has hecho sólo inserciones, tambien te recomendaría un backup/restore de la base de datos
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