Con respecto a las relaciones, creo que deberías tenerlas si la base de datos te lo permite.
Por un lado PKs (Primary Keys) sobre el campo ID, para evitar tener duplicados.
Además índices únicos sobre campos como numFactura para evitar tener dos facturas con el mismo número.
Por otro lado las FKs (Foreign Keys) sobre campos como Factura.idCliente -> Cliente.id. Esto evitará quue crees una factura con un cliente que no existe o que borres un cliente que tiene facturas.
Si estas relaciones/restricciones las implementas correctamente, no tendrás que hacer infinidad de comprobaciones antes de insertar cada registro. Solo insertas/modificas/borras un registro y si salta una excepción se la muestras al usuario y ya está.
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