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Yo en estes casos lo que hago es crear archivos temporales y les voy pasando los datos.
En algunos casos realizo dos pasos, incluso tres.
Selecciono con una consulta, recorro y voy colocando los datos en un archivo temporal con una segunda pasada envío los datos a un segundo archivo y finalmente los muestro.
Con esto he observado que se mejora mucho el rendimiento, se evitan realizar consultas muy complicadas a veces imposibles...
Espero te sirva la idea.
Los archivos temporales por supuesto se crean en el ordenador local no en el servidor.
Un Saludo.
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