El entorno (IDE) lo hace diferenciando plataformas.
Por un lado es lógico que las dos versiones de un programa (versión 32bits y versión 64bits) compartan el mismo número, ya que cuando distribuyes un programa ambos ejecutables deben tener la misma (o eso es lo normal).
Si necesitas que ambas sean consecutivas y no compartan el mismo, se me ocurre que es es posible hacerlo desactivando la opción automática desde el IDE y hacerlo desde línea de comandos (hay utilidades y ejemplos por internet que lo hacen). De forma que si utilizas los eventos de Build puedes lanzar esos scripts de forma automática al realizar el BUILD:
Revisa estos links:
Simple Version Number Updating in Batch File for Build Scripts
Auto Increment Version Information Pre-build tool
(hay más similares a estos)