Como ha dicho ya david, esto depende mucho de cómo lo tengas montado.
Podrías presentar una página "intermedia" que diga un mensaje como "espere, estamos trabajando..." y que esta haga una redirección a la página que genera el pdf. Mientras esta página se carga, el usuario verá el mensaje.
Otra cosa es tener un gif, como ya ha dicho también david, pero invisible, y activarlo por javascript justo antes de mandar a generar el pdf.
Hasta luego.
