No creo que el problema sea por la extensión, pero si por la ubicación del archivo de la base de datos. Por definición, lo que está dentro de c:\documents and settings\*, no se restaura, en cambio si lo que está dentro de c:\archivos de programa\* o en c:\windows\*.
Al igual hay reglas para que si y que no se restaura en el registry, pero no las tengo presentes.
Al final de cuentas, se trata de llevar todo a su estado al momento de crear el punto de restauración, menos los documentos, ¿no?
Hasta luego.