Yo lo he probado en un par de aplicaciones, y va fenomenal. Vamos, que no noto la diferencia con el FB normal.
El FB embedded no es más que el servidor de FB metido en una DLL para que trabaje en local, sólo en la máquina donde está instalado. Algo así como lo de las tablas planas (pdx, dbf, mdb) pero con las ventajas de un SGBDR. Además, también te permite conectarte a otros servidores FB que estén accesibles por red.
Dentro de la aplicación, funciona exactamente igual que si trabajaras con el FB Server, con la particularidad de que sólo te puedes conectar a una BBDD que esté en la misma máquina que la aplicación.
Las únicas diferencias están en que sólo puedes conectarte a una BBDD local con una aplicación a la vez, puesto que bloquea la BBDD, y que no puedes crear usuarios, sólo existe SYSDBA (aunque sí que funcionan los permisos, así que cuidado con eso).
Para usarlo, sólo tienes que reemplazar el fbclient.dll que usas para conectarte a un servidor FB normal, por fbembed.dll. Y para acceder a una BBDD de la máquina local, tienes que usar la dirección loopback, algo como "127.0.0.1:c:\bbdd\datos.fdb".
Como ya comenté antes, si usas una cadena de conexión al estilo "192.168.12.2:c:\bbdd\datos.fdb", entonces funcionará como un cliente normal de firebird, dándote acceso a una BBDD que esté en otro servidor FB en la red.
Saludos!!