Sé que esta respuesta no le gusta a nadie, pero he estado buscando un ratejo por internet después de leer tu pregunta, y no he encontrado nada gratuito que ya lo haga.
Lo único que he encontrado, es la definición del estándar de ePub:
http://en.wikipedia.org/wiki/EPUB
La verdad es que está muy bien explicado, y si te consigues algún archivo en .epub y lo habres con el WinRAR (debes marcar "Ver todos los archivos", ya que no es por defecto un archivo para WinRAR) se puede seguir la explicación con facilidad.
El problema es que parece que maneje formatos bastante avanzados, ZIP, XML y HTML (XHTML), con lo que si (para tu desgracia) no encontrases ningún componente que te edite directamente los ePub, deberías buscarte componentes que sean capaces de editar fácilmente estos formatos.
En la página de la Wikipedia también indica que este formato, ePub, es el más extendido de los formatos no propietarios (de hecho, casi todos los lectores son capaces de interpretarlo), así que me parece que sería el mejor para una tesis.
Un saludo,
LoPiTaL