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Entiendo que la base origen corresponde a un sistema que tú no manejas. Pero aunque no puedes alterar la estructura de las tablas quizá puedes agregar otras para tu propio uso así como algunos triggers. De ser así, podrías implementra disparadores after update, after insert y after delete en las tablas de interés, y con los datos del disparador, insertar registros en una tabla bitácora que te permitan determinar en qué tabla, y qué registros cambiaron.
// Saludos
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