En windows tambien puedes asignarle permisos de lectura, escritura, ... etc a cada usuario sobre un archivo. Pero el gran problema es la costumbre que tiene todo el mundo de utilizar windows desde una cuenta de administrador, es muy comodo pero asi no hay seguridad que valga.
Imaginate que en linux todo el mundo iniciara sesion como "root"
haber que seguridad habia entonces. La unica solucion que queda es que SOLO el administrador entre como administrador y el resto de usuarios con cuentas limitadas, no es muy comodo, sobre todo porque muchos programadores no tuvieron en cuenta esto a la hora de programar las aplicaciones y estas no funcionan como deberian en cuentas limitadas.
No siempre hay que echarle la culpa a windows y decir que es el demonio, tiene sus cosas buenas y malas.