Normalmente para poder importar las facturas en su sistema de contabilidad necesitan tener registrado el tercero. Otra cosa es que desde su programa permitan darlo de alta o rechazar la factura y el usuario haya decidido rechazar en lugar de dar de alta.
En esta url parece que explican algo acerca del proceso.
http://www.dip-badajoz.es/agenda/tab...e_Infomuni.pdf