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Hola Richy08,
Puedes hacerlo de varias formas.
Lo que comentas de crear una aplicación que reciba parámetros no está mal encaminada.
Una solución (si no lo has hecho antes, quizás pueda ser algo complicada) sería desarrollar una Servidor TPC, que reciba peticiones en el servidor y ejecute procesos que se conecten a una base de datos u otra.
Igualmente, puedes crear un ActiveX Library, instalarla en el servidor e igual que el caso anterior, recibir peticiones para ejecutarlas en el servidor.
En ambos casos, lo que consigues es los ordenadores clientes realicen peticiones a un software que se ejecuta en el servidor. Este Software que se ejecuta en el servidor, podrá conectar a una base de datos u otra.
Espero que te ayude.
Un saludo.
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